1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCTAAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatctctcctttcttgtcaaactcttgtgaacacttttatttgttacgcattagtatcatgcttaattttgaggaaacttctgaagccactatc...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G41520.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|163995774|gb|ES198518.1|ES198518
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGTATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125251153|gb|EL265238.1|EL265238
genomic: GTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTG-ATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCNGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125165585|gb|EL191804.1|EL191804
genomic: GATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGACTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTTGGTTEST: gi|125197436|gb|EL212390.1|EL212390
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAG-CTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGT-GGTT
EST: CAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125097115|gb|EL153681.1|EL153681
genomic: CAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GTATGGTGACAAGGTCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGEST: gi|124961166|gb|EL035739.1|EL035739
genomic: GTATGGTGACAAGG-CTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGAAGCTAGGCAAGGGTTTGGEST: gi|125199647|gb|EL214601.1|EL214601
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGGAGCTGEST: gi|124993717|gb|EL065986.1|EL065986
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGG-AGCTG
EST: ATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125250682|gb|EL264767.1|EL264767
genomic: ATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: AAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|164136499|gb|ES143375.1|ES143375
genomic: AAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTAGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGEST: gi|125070155|gb|EL135675.1|EL135675
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGT-GGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGEST: gi|47827937|gb|CK117621.1|CK117621
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125063839|gb|EL131674.1|EL131674
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGEST: gi|125050776|gb|EL123045.1|EL123045
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
EST: GTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGACGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125265582|gb|EL279667.1|EL279667
genomic: GTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: TGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTCGTTTCEST: gi|125254949|gb|EL269034.1|EL269034
genomic: TGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|124919453|gb|EH993213.1|EH993213
genomic: ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GTATGGTGACAAGGCTGGAGCTACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGEST: gi|125001604|gb|EL073873.1|EL073873
genomic: GTATGGTGACAAGGCTGGAGC-ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGEST: gi|47831362|gb|CK121046.1|CK121046
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|125277802|gb|EL291887.1|EL291887
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGCGCTGGTGGTTTCEST: gi|124704804|gb|EH796206.1|EH796206
genomic: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCEST: gi|164177326|gb|ES055168.1|ES055168
genomic: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGEST: gi|125289657|gb|EL303742.1|EL303742
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGEST: gi|164027065|gb|ES015115.1|ES015115
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAG
EST: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAA
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCTAAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatctctcctttcttgtcaaactcttgtgaacacttttatttgttacgcattagtatcatgcttaattttgaggaaacttctgaagccactatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT