Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|116449586|gb|EG492178.1|EG492178EST: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAG GCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
genomic: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAGgtatgcataa ... ctaaatacagGCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
EST:
gi|116449580|gb|EG492172.1|EG492172EST: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAG GCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
genomic: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAGgtatgcataa ... ctaaatacagGCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
EST:
gi|116449577|gb|EG492169.1|EG492169EST: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAG GCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
genomic: TAAGTTTCGATGAAGTCAACATCAAAGAGATAACTATCGGTAAAACAGAGgtatgcataa ... ctaaatacagGCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAAT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tgtcccataagttactacaagatatggctaactcattgtctctatctaaatacagGCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAATGGTCTCTCGGACTTGCTGTCGAAGAAGCTGGAAGGGTAAACTCAACAAT
tctctatct CT-rich tract
tatctaaata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtatgcataaatatttagtcttttcttgtcccataagttactacaagatatggctaactcattgtctctatctaaatacagGCTACCAATTTATTGAAAGCTTCCTTTGTGACATCCTTTGCATTAACCAATGGTCTCTCGGACTTGCTGTCGAAGAAGCTGGAAGGGTAAACTCAACAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG