Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggctgtagattatatacttgtctagtggctctttcgtataatgttaaaagcaattatagtatactgcaaaatctagaattcatccatttacatgcttttgttaatgttagGTTTATGTATGGGAAGCCGGATGTGCCTAAACCTTCTCCAGAAGTTATCGCTGAGGCCCATGATATGCTAGTTGGTTTTCAAACCGAATATAACTGGGAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G20040.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125210154|gb|EL225108.1|EL225108
EST:     GCGTGTTCCCATTGTTACGGGTGGAACTGGATTGTATCTGCGATG                         GTTTATGTATGGGAAGCCGGATGTGCCTAAACCTTCTCCAGAAGTTATCGC
genomic: GCGTGTTCCCATTGTTACGGGTGGAACTGGATTGTATCTGCGATGgtatggctgt ... ttaatgttagGTTTATGTATGGGAAGCCGGATGTGCCTAAACCTTCTCCAGAAGTTATCGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagtatactgcaaaatctagaattcatccatttacatgcttttgttaatgttagGTTTATGTATGGGAAGCCGGATGTGCCTAAACCTTCTCCAGAAGTTATCGCTGAGGCCCATGATATGCTAGTTGGTTTTCAAACCGAATATAACTGGGAC
                                           tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                       cttttgtt  CT-rich tract
                                        ttttgttaatgtta  TA-rich tract