1 5' 3' |
...gccgcctagagatgtttgggaccgagttagccattattgatatatagatttatgattcaaagtcgttgatgtgtgattggttttaaactcgttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAATGAAGCAATCTCTGTGATGAAAGGTCTTCCGGTGGCAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G18130.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAG CGGATGAACGAGGTAGTGAAAEST: gi|125152805|gb|EL184263.1|EL184263
genomic: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAGgtaaaaaatt ... gttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAA
EST: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAG CGGATGAACGAGGTAGTGAAACATEST: gi|86075894|gb|DR371651.1|DR371651
genomic: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAGgtaaaaaatt ... gttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACAT
EST: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAG CGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAATGAAGCAATCTCTEST: gi|125122976|gb|EL169425.1|EL169425
genomic: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAGgtaaaaaatt ... gttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAATGAAGCAATCTCT
EST: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAG CGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAAATGAAGCAAT
genomic: GGAACAAGAACCAGATCCTCAGGTTCCAGATTTACTCTGATGATAATAAGgtaaaaaatt ... gttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAA-TGAAGCAAT
agatttatgattcaaagtcgttgatgtgtgattggttttaaactcgttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAATGAAGCAATCTCTGTGATGAAAGGTCTTCCGGTGGCAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGAT
cgttgat putative branch site (score: 5)
ttttaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gccgcctagagatgtttgggaccgagttagccattattgatatatagatttatgattcaaagtcgttgatgtgtgattggttttaaactcgttattgcagCGGATGAACGAGGTAGTGAAACATGCAACAAAGCTAAATGAAGCAATCTCTGTGATGAAAGGTCTTCCGGTGGCAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - tgtttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaactc