Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttcttcctcaatcataaaatcttatattggcctgctttagcttttactctcgtcactaatctaatatttgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGTCTTCTACGGTGCTCCTGCTGTCGTTACTTTCCGCATCCCCACTAAGCCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G14030.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86022134|gb|DR317887.1|DR317887
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022142|gb|DR317895.1|DR317895
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|125036849|gb|EL109118.1|EL109118
EST:     GTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: GTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022135|gb|DR317888.1|DR317888
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022136|gb|DR317889.1|DR317889
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAAGGAG
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAA-GGAG
EST: gi|86022143|gb|DR317896.1|DR317896
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022153|gb|DR317906.1|DR317906
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022138|gb|DR317891.1|DR317891
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022144|gb|DR317897.1|DR317897
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022129|gb|DR317882.1|DR317882
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAA
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAA
EST: gi|86022131|gb|DR317884.1|DR317884
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022141|gb|DR317894.1|DR317894
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022151|gb|DR317904.1|DR317904
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022157|gb|DR317910.1|DR317910
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|124705092|gb|EH796494.1|EH796494
EST:     AAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: AAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022137|gb|DR317890.1|DR317890
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022146|gb|DR317899.1|DR317899
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022158|gb|DR317911.1|DR317911
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022148|gb|DR317901.1|DR317901
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|116399793|gb|EG442385.1|EG442385
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATGGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022140|gb|DR317893.1|DR317893
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022150|gb|DR317903.1|DR317903
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86076778|gb|DR372535.1|DR372535
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022145|gb|DR317898.1|DR317898
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGWCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|116399796|gb|EG442388.1|EG442388
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|164172065|gb|ES134644.1|ES134644
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022133|gb|DR317886.1|DR317886
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022159|gb|DR317912.1|DR317912
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTG-AGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022132|gb|DR317885.1|DR317885
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|125034471|gb|EL106740.1|EL106740
EST:     TAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTTGTATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAG
genomic: TAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGAC-TTG-ATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAG
EST: gi|124824654|gb|EH909520.1|EH909520
EST:     GAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAAGGTTAAAGGAG
genomic: GAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAA-GGTTAAAGGAG
EST: gi|124803352|gb|EH891781.1|EH891781
EST:     AACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: AACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022139|gb|DR317892.1|DR317892
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
EST: gi|86022147|gb|DR317900.1|DR317900
EST:     TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGC                         AGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT
genomic: TTTGAAGTTGTTAATGGAAACACTTCAAAATCATGGGAAAGACTTGATGCgtgagtttct ... tgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattggcctgctttagcttttactctcgtcactaatctaatatttgctgtgcagAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTATCGAATTGGAGGCCAAGGTTAAAGGAGTCTTCTACGGTGCTCCTGCTGTCGTTACTTTCCGCATCCCCACTAAGCCA
                               actaatctaatattt  TA-rich tract