Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAAGTACAGGCAGAGAGTTCTGGGCTTAATTCTCGTCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttccacaaagatatcttcttctttttttgacttggggttatgcctttgattatcttattctcatatcagatattccttaacttattatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G11790.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124882150|gb|EH961052.1|EH961052
EST:     CTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: CTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
EST: gi|124952256|gb|EL027542.1|EL027542
EST:     CCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: CCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
EST: gi|124990192|gb|EL062461.1|EL062461
EST:     TCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTG
genomic: TCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTG
EST: gi|125257866|gb|EL271951.1|EL271951
EST:     TGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: TGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA