Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAAAGAGCTACTCAAGCAATGGAAGTTGCAAAACAGAGCGATGCATTCCTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAGgtgatgcaggagaataatcatccagttttgagtttgcatcttactaagaagctttctatataccttttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G09230.6
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86077600|gb|DR373357.1|DR373357
EST:     CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAG                         AGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC
genomic: CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAGgtgatgcagg ... ccttttgcagAGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC
EST: gi|86077317|gb|DR373074.1|DR373074
EST:     CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAG                         AGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC
genomic: CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAGgtgatgcagg ... ccttttgcagAGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC
EST: gi|86076124|gb|DR371881.1|DR371881
EST:     CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAG                         AGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC
genomic: CTCGTGTTGGGTTCATCCTTAATGACAATGTCTGCTTTTCGCCTTTGCAGgtgatgcagg ... ccttttgcagAGCGGCTCATGAGGCTGGTGCTATGACCGCAATTGTAAATATAGGCGAAAC