Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACTCTGGTTATTCTAGTGAGATGGTTAACTCCGGTTACCTTCATGTCAATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcatatttttaatactctttcattatgatctatcctttagtttaactttggatatgataattttttactaaatatgttttgattgttacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G34540.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116439660|gb|EG482252.1|EG482252
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCGTGCTTCAAC                         GATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439716|gb|EG482308.1|EG482308
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439694|gb|EG482286.1|EG482286
EST:     ATCCAATGCGGCAAGTGGATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439672|gb|EG482264.1|EG482264
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCGTGCTTCAAC                         GATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439749|gb|EG482341.1|EG482341
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTTTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439649|gb|EG482241.1|EG482241
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGGGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439760|gb|EG482352.1|EG482352
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGGAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439738|gb|EG482330.1|EG482330
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|19798519|gb|AU229907.1|AU229907
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAG-ATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439638|gb|EG482230.1|EG482230
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439705|gb|EG482297.1|EG482297
EST:     ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
EST: gi|116439683|gb|EG482275.1|EG482275
EST:     ATCCAATGCGGCAAGTGGATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAAC                         AATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC
genomic: ATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcata ... attgttacagAATGGCGAAGCTCCTTCGATGTGGGACTCTCATGTGCAGAATCTCTATGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCACTCTGGTTATTCTAGTGAGATGGTTAACTCCGGTTACCTTCATGTCAATCCAATGCAGCAAGTGAATACCAGTTCTGATCCATTGTCATGCTTCAACgtaagtcatatttttaatactctttcattatgatctatcctttagtttaactttggatatgataattttttactaaatatgttttgattgttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG