Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGCTTCACGTCCTCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAGGTTGCTCAAGACATGGGTCTTCCAATCTCTTCCTATGTTGATgtacgtttcctcatctgatgttctctatgattggtgtttgagccttattaaaccaactattgggggtaattctcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27640.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G27640.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA08G19960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
AAAGCTTCACGTCCTCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAGGTTGCTCAAGACATGGGTCTTCCAATCTCTTCCTATGTTGATgtacgttt------cctcatctgatgttctctatgattggt---gtttgagccttattaaaccaactattgggggtaatt---ctcttgcag---------------------------------
||| |||| |||||||| || |||||||| |||||||||||  | |||||||| ||||||||  |||||||| |||| ||  |   |||||||||||||  |||      | |  |||     ||||| | | |  |    |||| |  ||  |    ||| ||  |  || | ||   |  ||| |                                  
AAATCTTCTCGTCCTCCTCAAGATAGGACTATGGTAGTTGCCTGCCTTGCTGAAGTTGCTCAGAACATGGGTTTTCCTATTGCAAGCTATGTTGATgtaattttgttacactttttcttgatctctctcttactttttccttttgtgatttcatttttcaattaaagtaggaattttgacaattgtaattgatttgtaaaacgtgatattatctttctcag