1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgaatgtttgtttttttatatgtgatttctttgttttatgaatgggtgattgagagattatggatctaaacttttgcttccacgacaaggttattgcagACTAATATGTTGGCTGCTGGACTTGCATCTGCCAATCTTGTACTTTATGCGTTTGTTTATACTCCGTTGAAGCAACTTCACCCTATCAATACATGGGTTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G44520.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116390645|gb|EG433237.1|EG433237
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116390645|gb|EG433237.1|EG433237
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116390645|gb|EG433237.1|EG433237
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116431674|gb|EG474266.1|EG474266
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116431674|gb|EG474266.1|EG474266
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116431674|gb|EG474266.1|EG474266
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG GEST: gi|116431674|gb|EG474266.1|EG474266
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
EST: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAG G
genomic: CATGGGCTACTATTGCTGGTGCTTCTGGTGCTTGTTTGTTGGCCAGCAAGgtgaatgttt ... gttattgcag-
ggtgattgagagattatggatctaaacttttgcttccacgacaaggttattgcagACTAATATGTTGGCTGCTGGACTTGCATCTGCCAATCTTGTACTTTATGCGTTTGTTTATACTCCGTTGAAGCAACTTCACCCTATCAATACATGGGTTG
atctaaa putative branch site (score: 3)
taaactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaatgtttgtttttttatatgtgatttctttgttttatgaatgggtgattgagagattatggatctaaacttttgcttccacgacaaggttattgcagACTAATATGTTGGCTGCTGGACTTGCATCTGCCAATCTTGTACTTTATGCGTTTGTTTATACTCCGTTGAAGCAACTTCACCCTATCAATACATGGGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA