1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tagattgttttcaagctcagtgctttgcttagaatatagagcttatttgtgttagtttccttcactaaaaattgagctgtttgatgttgttaatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G36060.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGEST: gi|124800738|gb|EH890353.1|EH890353
genomic: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACG
EST: ATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTAEST: gi|86078812|gb|DR374569.1|DR374569
genomic: ATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTA
EST: TCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTG--GGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTAEST: gi|116466784|gb|EG509376.1|EG509376
genomic: TCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTA
EST: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTAEST: gi|116467250|gb|EG509842.1|EG509842
genomic: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTA
EST: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTAEST: gi|125197326|gb|EL212280.1|EL212280
genomic: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTA
EST: TCAGTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGEST: gi|125292248|gb|EL306333.1|EL306333
genomic: TCACTTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTG
EST: TTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCG TTCCGAGGAATTTCCGGTTGACTGGAGGAGCTTGAAC
genomic: TTCATCAATCAAATCATGACTCTTGGCTCAGGATCGAGTGTTGTCGgtaaattttc ... taatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTG-CTGGAGGAGCTTGAAC
tttgtgttagtttccttcactaaaaattgagctgtttgatgttgttaatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTA
actaaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagattgttttcaagctcagtgctttgcttagaatatagagcttatttgtgttagtttccttcactaaaaattgagctgtttgatgttgttaatgtaaagTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGAGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG