1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GACCATCAAACAAGATACTGACAATAACAAGTTTCTCCGTGATCAAAGGGAGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaactacacttccactgtttttttcacttttcagatatatatttgagtttattttgatgtgaacataaaaatgaatcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G04170.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
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EST: AGAGGAGAACCCTGCGAATCCTCGGTCTTTAAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389958|gb|EG432550.1|EG432550
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EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389966|gb|EG432558.1|EG432558
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EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387896|gb|EG430488.1|EG430488
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EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTAAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116389924|gb|EG432516.1|EG432516
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EST: GGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGAGTGGAAATAACCEST: gi|116389947|gb|EG432539.1|EG432539
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EST: TTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387872|gb|EG430464.1|EG430464
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EST: GGTTAC-AATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116383978|gb|EG426570.1|EG426570
genomic: GGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
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genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCAEST: gi|116387841|gb|EG430433.1|EG430433
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genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
EST: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATG GAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGGAATAACCA
genomic: AGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaact ... aatgaatcagGAGATTAGTTTTGTATGTTAATGGTAATCAAAACGATGGTGGAAATAACCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACCATCAAACAAGATACTGACAATAACAAGTTTCTCCGTGATCAAAGGGAGAGGAGAACCCTACGAATCCTCGGTCTTTGAGGCCGGTGGTTACAAATGgtaaagaactacacttccactgtttttttcacttttcagatatatatttgagtttattttgatgtgaacataaaaatgaatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
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