1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AACGACTTTAACCGGAAAGATACTTTTATGTCAATGATTCAACAACCTAACTCCTCAGCTCCACCACCCAAGAAACGAAGAAACCAACCCGGAAACCCAAgcaagtatctcttacatataaatctctatatatttatcacctttctataagaatcactatatataagctttaagataataccaagaagaaaaagaaccct...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G02080.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTCAGCTCCACCACCCAAGAAACGAAGAAACCAACCCGGAAACCCAA ATCCTGATGCGGAAGTGGTAGCATTATCTCCAAAGACACTAATGGCTACAA
genomic: CTCCTCAGCTCCACCACCCAAGAAACGAAGAAACCAACCCGGAAACCCAAgcaagtatct ... tatgaaacagATCCTGATGCGGAAGTGGTAGCATTATCTCCAAAGACACTAATGGCTACAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACGACTTTAACCGGAAAGATACTTTTATGTCAATGATTCAACAACCTAACTCCTCAGCTCCACCACCCAAGAAACGAAGAAACCAACCCGGAAACCCAAgcaagtatctcttacatataaatctctatatatttatcacctttctataagaatcactatatataagctttaagataataccaagaagaaaaagaaccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa