1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ccaaatgacaaaacatttccagcctttataagtttaattttgttacaattacttagtcaaatataataaagccttttatttaaaatttactaatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTTACGAGTCTCCCGACACTTCTGTCTCTTATGACAAAATTTATGTTCGAGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G01990.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAG GTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAEST: gi|116400471|gb|EG443063.1|EG443063
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genomic: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAGgtgagaccta ... taatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTT
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genomic: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAGgtgagaccta ... taatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTT
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genomic: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAGgtgagaccta ... taatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGT
EST: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAG GTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTT
genomic: GAGTTATAGCTGTTTGAATAGTCAGTTTGTCACTCCACATGTTAACACAGgtgagaccta ... taatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTT
caattacttagtcaaatataataaagccttttatttaaaatttactaatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTTACGAGTCTCCCGACACTTCTGTCTCTTATGACAAAATTTATGTTCGAGA
tactaat putative branch site (score: 1)
aaatataataaagcct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccaaatgacaaaacatttccagcctttataagtttaattttgttacaattacttagtcaaatataataaagccttttatttaaaatttactaatgtacagGTGAACGTATAAGTGGAGTCAGTTACTGTCAGGAGACGATATCGAATGTTTACGAGTCTCCCGACACTTCTGTCTCTTATGACAAAATTTATGTTCGAGA
ccaaatg
- - - - caaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agtcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaag