Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactctttcattttttatctttgtctcgcttttgtaaattttattggtcctaatatctttcgtggtggctgaatctgatcttgctattggcaatggatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G76200.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86053204|gb|DR348961.1|DR348961
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
EST: gi|163989613|gb|EL982834.1|EL982834
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTG
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTG
EST: gi|86077411|gb|DR373168.1|DR373168
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
EST: gi|164226374|gb|ES129634.1|ES129634
EST:     ATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: ATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
EST: gi|86053203|gb|DR348960.1|DR348960
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
EST: gi|124983267|gb|EL056011.1|EL056011
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGT
EST: gi|86053201|gb|DR348958.1|DR348958
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
EST: gi|116480564|gb|EG523156.1|EG523156
EST:     GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATG                         GGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT
genomic: GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactct ... caatggatagGGATGGAGGCACCCTTGGGATGGTCATGGTGATCACGGTCACGGAGATCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAGATGGTCCTGTAGTTATGgtaaaactctttcattttttatctttgtctcgcttttgtaaattttattggtcctaatatctttcgtggtggctgaatctgatcttgctattggcaatggatag

- - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - AAGATG