1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttcacaatggactgatatttgattttcctttgttgtacggtgaaacatatgattacatatgcactttcatatatatcctatgtatgattgtgaatgcagTGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGAACTGACTCTTGAACCCGTTTACAACTGCAACCTTGGCTGCTTCGCCGCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G69120.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGCATCCTTACATGCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGG TGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCAATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGAEST: gi|19742116|gb|AU227469.1|AU227469
genomic: CAGCATCCTTACATGCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGgtaacaaaaa ... gtgaatgcagTGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGA
EST: CAGCATCCTTACATGCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGG TGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGA
genomic: CAGCATCCTTACATGCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGgtaacaaaaa ... gtgaatgcagTGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGA
acatatgattacatatgcactttcatatatatcctatgtatgattgtgaatgcagTGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGAACTGACTCTTGAACCCGTTTACAACTGCAACCTTGGCTGCTTCGCCGCA
actttcatatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcacaatggactgatatttgattttcctttgttgtacggtgaaacatatgattacatatgcactttcatatatatcctatgtatgattgtgaatgcagTGGTCTGTATCAAGAAGATGATCCTATGGCAATGAGGAGGAATGATCTCGAACTGACTCTTGAACCCGTTTACAACTGCAACCTTGGCTGCTTCGCCGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacata