1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgggcaagattgatactttagtttcaccaaaaacatcagaagctggttaaaccaatggttcagtgttctgagctaatcaactgatgatttgttcttgtagGTTTTGTTGTCTGCGTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCCTACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G50480.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAATATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAG GTTTTGTTGTCTGCGTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATEST: gi|164086599|gb|ES153714.1|ES153714
genomic: TTAATATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAGgtaatcatca ... gttcttgtagGTTTTGTTGTCTGCGTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTAT
EST: TAATATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTATAGGCAAGTATAAAGCTAAG GTTTTGTTGTCTGCGTTT
genomic: TAATATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTAT-GGCAAGTATAAAGCTAAGgtaatcatca ... gttcttgtagGTTTTGTTGTCTGCGTTT
gttaaaccaatggttcagtgttctgagctaatcaactgatgatttgttcttgtagGTTTTGTTGTCTGCGTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCCTACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTA
aactgat putative branch site (score: 3)
tttgttctt putative PPT
taatcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgggcaagattgatactttagtttcaccaaaaacatcagaagctggttaaaccaatggttcagtgttctgagctaatcaactgatgatttgttcttgtagGTTTTGTTGTCTGCGTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCCTACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - -caaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - atcagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taatcaa