Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgcagatttcttgatttttatttatagattagggttctgatactaaagtttggatttttaaactaaagtttggatttttttttgtattcatggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATGAATTTGGGGAATGAGCCACCAGGAGATGGTGGTGGAGGTGGAGGGTTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G45249.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116404876|gb|EG447468.1|EG447468
EST:     ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAG                         ATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
genomic: ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAGgtaatagatt ... catggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
EST: gi|116404874|gb|EG447466.1|EG447466
EST:     GAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAG                         ATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
genomic: GAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAGgtaatagatt ... catggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
EST: gi|116404789|gb|EG447381.1|EG447381
EST:     ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAG                         ATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
genomic: ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAGgtaatagatt ... catggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
EST: gi|116404878|gb|EG447470.1|EG447470
EST:     ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAG                         ATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG
genomic: ATTTTGAAATTTTTTGGGAAAATTACAAAGCACACGAATTTAGCAAAAAGgtaatagatt ... catggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaagtttggatttttaaactaaagtttggatttttttttgtattcatggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATGAATTTGGGGAATGAGCCACCAGGAGATGGTGGTGGAGGTGGAGGGTTGA
                               tttttttttgtattc  CT-rich tract
          atttttaaactaaagt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgcagatttcttgatttttatttatagattagggttctgatactaaagtttggatttttaaactaaagtttggatttttttttgtattcatggttcagATCCAGTTATTAGGTGGAAGCAGATTTTGTAGAAAAATGGATGGTAGTATGAATTTGGGGAATGAGCCACCAGGAGATGGTGGTGGAGGTGGAGGGTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG