Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTAAAGAGCTTCAAGAGTACTTTAAACAGAAAAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagctatgatctcaattcttgtatttgattgatggatgctaataactcaaaaagttaatagatatagagagatttgtttgaattgcatttgagg...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G34000.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124930303|gb|EL007766.1|EL007766
EST:     ATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: ATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|124782875|gb|EH872800.1|EH872800
EST:     CAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTA
genomic: CAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTA
EST: gi|124861709|gb|EH946146.1|EH946146
EST:     AAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTC
genomic: AAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTC
EST: gi|124859941|gb|EH944378.1|EH944378
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAG
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAG
EST: gi|124869824|gb|EH954261.1|EH954261
EST:     TTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: TTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|124930096|gb|EL007577.1|EL007577
EST:     GTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: GTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125091955|gb|EL149778.1|EL149778
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125034101|gb|EL106370.1|EL106370
EST:     ATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: ATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125031744|gb|EL104013.1|EL104013
EST:     CCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|124810710|gb|EH895576.1|EH895576
EST:     CAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125072006|gb|EL136851.1|EL136851
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|301502424|gb|HO207964.1|HO207964
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|124721859|gb|EH813261.1|EH813261
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCG
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCG
EST: gi|124938030|gb|EL014701.1|EL014701
EST:     CTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: CTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125225007|gb|EL239092.1|EL239092
EST:     AGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: AGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|125262888|gb|EL276973.1|EL276973
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCA
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCA
EST: gi|124754301|gb|EH844431.1|EH844431
EST:     TTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
genomic: TTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTATGCAACAGG
EST: gi|164156167|gb|ES207117.1|ES207117
EST:     CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAG                         GTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTA
genomic: CAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagc ... ttgtttgtagGTGGGCTATGTTTGGTTTCGCAGTTGGTATGCTCACAGAGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTAAAGAGCTTCAAGAGTACTTTAAACAGAAAAAGCTTGAAGCTGCTGGTCAAGGTCCCTTTTTTGGTTTCCAACCCAAAAATGAGATCTCCAATGGAAGgtacttaagctatgatctcaattcttgtatttgattgatggatgctaataactcaaaaagttaatagatatagagagatttgtttgaattgcatttgagg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaaaagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tagagaga