1 5' 3' | 2 5' 3' |
GAATCAACCGGGTTTGATCGAAGAAAAGAGCTTCGGGTTCGGGCTTCCTAGTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAGgtcaaagaactctcagtcccttaattagttttctcctttcgttttccacttctgaaatgataaaatttcttagggttttgatttattgtggtatctaggg...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G26740.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAG ATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCTEST: gi|47828021|gb|CK117705.1|CK117705
genomic: GTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAGgtcaaagaac ... aaacatgcagATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCT
EST: GTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAG ATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCTEST: gi|47830147|gb|CK119831.1|CK119831
genomic: GTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAGgtcaaagaac ... aaacatgcagATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCT
EST: GTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAG ATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCT
genomic: GTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAGgtcaaagaac ... aaacatgcagATTTCTAAACACAAGAGAGGGATAAGAAATGGTCCAAAGGCTCTTAAGCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAATCAACCGGGTTTGATCGAAGAAAAGAGCTTCGGGTTCGGGCTTCCTAGTTTTGCTTTTAATGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCTAAGAAGAAGgtcaaagaactctcagtcccttaattagttttctcctttcgttttccacttctgaaatgataaaatttcttagggttttgatttattgtggtatctaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctcagtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcctttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccacttct