1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagcatatatgatcaaattattcaatctttaaacaaaatattatttttattatgaaaagaagtgaattcaataatagttatgtacactagaaacattttttccatatgttattttgtgtgtagATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCTATAGCAAAGAAGTACTTGGAAAGTAATCATAAGATTATGGATGAAGCTC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G19115.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTTGATTTATCTAGAGGAGATTCATTGCACAACACACGAATGGAAAAG ATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCTEST: gi|116475185|gb|EG517777.1|EG517777
genomic: TTCTTGATTTATCTAGAGGAGATTCATTGCACAACACACGAATGGAAAAGgtaagcatat ... ttgtgtgtagATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCT
EST: TTCTTGATTTATCTAGAGGAGATTCATTGCACAACACACGAATGGAAAAG ATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCT
genomic: TTCTTGATTTATCTAGAGGAGATTCATTGCACAACACACGAATGGAAAAGgtaagcatat ... ttgtgtgtagATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCT
caataatagttatgtacactagaaacattttttccatatgttattttgtgtgtagATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCTATAGCAAAGAAGTACTTGGAAAGTAATCATAAGATTATGGATGAAGCTC
ttatttt CT-rich tract
attttttccatatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcatatatgatcaaattattcaatctttaaacaaaatattatttttattatgaaaagaagtgaattcaataatagttatgtacactagaaacattttttccatatgttattttgtgtgtagATGCTAAGGACAATACTCAACAAGAAGATACATCCACAACGTTCAAATTCTATAGCAAAGAAGTACTTGGAAAGTAATCATAAGATTATGGATGAAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC