1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ctgttgttgaaatgataattgtttgatagattgatcatgatacgcaaagccaaattctggtggatctatatactgagttgtttctatgattgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAACTCACACACAGTACAAGGACTTGATATGGAAGATGTGGAAGAAATCAC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G16210.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAG GCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAEST: gi|164037035|gb|EL995407.1|EL995407
genomic: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAGgtatacctcg ... tgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTA
EST: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAG GCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGEST: gi|124862730|gb|EH947167.1|EH947167
genomic: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAGgtatacctcg ... tgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAG
EST: CCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAG GCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAEST: gi|124954678|gb|EL029756.1|EL029756
genomic: CCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAGgtatacctcg ... tgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTA
EST: CACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAG GCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAEST: gi|86083970|gb|DR379729.1|DR379729
genomic: CACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAGgtatacctcg ... tgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTA
EST: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAG GCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTA
genomic: ACCTGCCCGTTGATCGACACCCGGAGAAGAGGCTCAAGGCTTCTTTTAAGgtatacctcg ... tgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTA
aaagccaaattctggtggatctatatactgagttgtttctatgattgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAACTCACACACAGTACAAGGACTTGATATGGAAGATGTGGAAGAAATCAC
atctatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgttgttgaaatgataattgtttgatagattgatcatgatacgcaaagccaaattctggtggatctatatactgagttgtttctatgattgtgatttagGCATATGAAGAAGTGGAACTTCCAAGGCTCAAGTCTGAGAAACCAGGTCTAACTCACACACAGTACAAGGACTTGATATGGAAGATGTGGAAGAAATCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - -tgtttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agccaaa