Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttcttttcataactaaccatttggtcgacttaaattgtcatggcatcgtataggtcattttgctctgtttccatttgtgttacttcaagaaggat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G039889_T05
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78107919|gb|DV526337.1|DV526337
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|76910226|gb|DV163762.1|DV163762
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|211026941|gb|FL261358.1|FL261358
EST:     ATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAS                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: ATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|50336508|gb|CO531634.1|CO531634
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|78123847|gb|DV542231.1|DV542231
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|78115266|gb|DV533654.1|DV533654
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|31612380|gb|CD569002.1|CD569002
EST:     TCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: TCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|76016911|gb|DT944081.1|DT944081
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71299499|gb|DR785760.1|DR785760
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|31910879|gb|CD651644.1|CD651644
EST:     AAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: -AAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71326312|gb|DR799844.1|DR799844
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|60400549|gb|DN233356.1|DN233356
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71762950|gb|DR960887.1|DR960887
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|91052439|gb|EB162857.1|EB162857
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTC-T
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT