Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgttgactcaactggaagacatttatttggattggatatttatagcattttagattgacattgtaacagtccacgttgcagcccacatgcttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G864166_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G864166_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g06510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgttgactcaactggaagacatttatttggattggatatttatagcatttt-------agattgacattgtaacagtccacgttgcagcccacatgcttt
||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | |||||    || |  || |||||| | ||||  | |||| | ||||||||        ||| || |||  |||||      || |      | |      
GATGCTGCCGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTATACACGCTTGCCGGAGgtatgcttgttgctctaattataa-acatttttgtgga--gcatatatgtagcatttcagaattcagactggcatcataacataatgggtggtgtttgaaaaa----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211305789|gb|FL318625.1|FL318625
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|211198361|gb|FL353641.1|FL353641
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|50326457|gb|CO521583.1|CO521583
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|50329289|gb|CO524415.1|CO524415
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|76293255|gb|DV032823.1|DV032823
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|211393593|gb|FL320923.1|FL320923
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|71772666|gb|DR970593.1|DR970593
EST:     GCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|211290993|gb|FL323352.1|FL323352
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTKYGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAAT
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTG-GAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAAT
EST: gi|71434809|gb|DR815859.1|DR815859
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|91057203|gb|EB167621.1|EB167621
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|32864298|gb|CF003980.1|CF003980
EST:     GGATGCAGCTGATGCCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GGATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|94480221|gb|EB709179.1|EB709179
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGCGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|74243604|gb|DT651518.1|DT651518
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|78088237|gb|DV516630.1|DV516630
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|50335836|gb|CO530962.1|CO530962
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
EST: gi|211353992|gb|FL313760.1|FL313760
EST:     GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAG                         TGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG
genomic: GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 38 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 32

GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATGAAGGTATTGAAGTAGCAGCATCAATTGTACCAACAGTTCAAAGGCCTTG


Block sizes: 42 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 37

GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATGAAGGTATTGAAGTAGCAGCATCAATTGTACCAACAGTTCAAAGGCCTTG


Block sizes: 42 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 15

GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATGAAGGTATTGAAGTAGCAGCATCAATTGTACCAACAGTTCAAAGGCCTTG


Block sizes: 45 (upstream exon), 28 (downstream exon)
Score: 13

GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgt ... gtacatgcagTGGATTGCATTGATTGTGCAGCAGATGCATCTGTGGTGGGAGCAGTGAATGAAGGTATTGAAGTAGCAGCATCAATTGTACCAACAGTTCAAAGGCCTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGCAGCTGATGTCAGGAATCTCTCCCTTGTCTACACTCTTGCTGGAGgtacacatgttgactcaactggaagacatttatttggattggatatttatagcattttagattgacattgtaacagtccacgttgcagcccacatgcttt

-  GCAGCT
- - CAGCTG
- -  AGCTGA
- - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA