1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CACCAGGCGCTTATATACAAGTACCTCGTCGCCGGCGTGCCCGTCCCGCCGGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCCgtaagcaagcacggcccccgcgccgcctccgcaccccttcacactcacacgcacgtttaaccgcttttgcactgcacaaccccggccgcccggcggcggc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G041223_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCC TTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGG-CGTTEST: gi|211257738|gb|FK987692.1|FK987692
genomic: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCCgtaagcaagc ... ttccttgcagTTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGGGCGGT
EST: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCC TTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGGGCEST: gi|211257740|gb|FK987694.1|FK987694
genomic: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCCgtaagcaagc ... ttccttgcagTTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGGGC
EST: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCC TTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGGGCGGT
genomic: GGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCCgtaagcaagc ... ttccttgcagTTGGGTACGGGCCCTACTTCGGCAAGAAGGTGGACCCGGAGCCCGGGCGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CACCAGGCGCTTATATACAAGTACCTCGTCGCCGGCGTGCCCGTCCCGCCGGACCTCCTCCTCCCCCTACGCCGAGGCTTCGTCTACCACCAACCCGCCCgtaagcaagcacggcccccgcgccgcctccgcaccccttcacactcacacgcacgtttaaccgcttttgcactgcacaaccccggccgcccggcggcggc
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