Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGCTATTTGCTTGTTTCCGGTATATCCTCATAGGTGCAAGTTACTAGTACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctggagagctaattatttattttaatttattcataattttctttcaggcactgcaccttttacccttcttaactgttgttacctggttatgga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g02280.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110711779|gb|EE088644.1|EE088644
EST:     ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTAT                         TGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGGAAGCGGGTCG
genomic: ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctg ... atacatgcagTGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
EST: gi|110712755|gb|EE088078.1|EE088078
EST:     ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTAT                         TGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
genomic: ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctg ... atacatgcagTGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
EST: gi|161713701|gb|FC062841.1|FC062841
EST:     ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTAT                         TGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
genomic: ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctg ... atacatgcagTGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
EST: gi|110711813|gb|EE088718.1|EE088718
EST:     ACTGTATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTAT                         TGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCNTGGAAAGCGGGTCT
genomic: ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctg ... atacatgcagTGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
EST: gi|33406482|gb|CF212109.1|CF212109
EST:     ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTAT                         TGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT
genomic: ACTATATACATGTGCTGGTGTTCTACTACTCATACTCTCCCTGCTATTATgtaagttctg ... atacatgcagTGAGACTTGCAATTTTTGGTGCTTTATGGATAATTCTTGGAAAGCGGGTCT