Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAGAGGACAAACGTGCCAGGAATGAAGGCTTATCGGGGACGACCATACGCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctcccaacggttctgtgtgggcatccgtagtggattccattctgacttgtggtgtgcatatttcatattgagttgaatgtttgcgtgttttcttg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S422_18V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208397319|gb|DC920673.1|DC920673
EST:     GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGG                         GAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
genomic: GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
EST: gi|37828898|gb|BJ586910.1|BJ586910
EST:     GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGG                         GAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
genomic: GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
EST: gi|208389601|gb|DC945825.1|DC945825
EST:     GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGG                         GAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
genomic: GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
EST: gi|208372792|gb|DC952679.1|DC952679
EST:     GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGNCCTTATCCGCCTCTCTATGG                         GAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
genomic: GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
EST: gi|67697499|gb|BJ957732.1|BJ957732
EST:     GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGG                         GAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT
genomic: GCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 7

CAAAGAGGACAAACGTGCCAGGAATGAAGGCTTATCGGGGACGACCATACGCTCCCTTTTATGGGTACCGCCCCAGGAGGCCTTATCCGCCTCTCTATGGgtatgctccc ... tcatgtgcagGAAAATGCCCAGATTCAGGAGGCCTATGCGTTACAGACCTTATTATTAGGTGATTTCTATTGGACGCTTCTAGGAGAGCAGAGGTCTCGTGATATCAGTT




<











<


<