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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAGGAAAAATCGAGAAGCCTGGACGATCTGGTGGATGAGGACAAGAACCAGCTACGTCTTTGGGCTTCATATCGAGGACAGACTCTTGCGAGGACAGgtgagtgcagtatccgctgtgttggtttcatctgtatctcaatgaatttgaatatcaagataggataatacgtgtcaagaatccgggaagaatcgattgg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S13_132V6.1
intron # 31
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S13_132V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 31
lower sequence: GLYMA04G36710.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GAGAAGGAAAAATCGAGAAGCCTGGACGATCTGGTGGAT--GAGGACAAGAACCAGCTACGTCTTTGGGCTTCATATCGAGGACAGACTCTTGCGAGGACAGgtg---agtgc--agtatccgctgtgttggt-ttcatctgtatctcaatgaatttgaatatcaagataggataatacgtgtcaagaatccgggaagaatcgattgg-----------------------------------------------
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--GGAGCATCCACTGGGGACGCAGAACTTCAAGAAAGTTCCAGTGACTCTTTGGAGCTTCGATTTTGGGCTTCTTATCGAGGGCAGACTCTTGCGAGGACAGgtaacaagttcttagcgtatatcttatttgtcttcctttatgtttctataggacataatttgaggcacgactactgtatttccacaagtattggttccctgattacacccagcctatgatgtttcttcattcccttattgtttgggtttgcag

upper sequence: PP1S13_132V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 31
lower sequence: GLYMA06G18220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GAGAAGGAAAAATCGAGAAGCCTGGACGATCTGGTGGAT---GAGGACAAGAACCAGCTACGTCTTTGGGCTTCATATCGAGGACAGACTCTTGCGAGGACAGgtgagtgcagtatccgctgtgttggtttcatctgtatctcaatgaatttgaatatcaagataggataatacgtgtcaagaatccgggaagaatcgattgg--------------------------------------------------------
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--GGAGCATCCACTGGGGACGCAGAACT-TCAAGAAAATTCCAGTGACTCTTTGGAACTTCGTTTTTGGGCTTCTTATCGAGGGCAGACTCTGGCGAGGACAGgtca---caa-attctaagcatatatcttatttgtcttcctttcttttttcgtat---gacaagttgaggcatgactatatttccacaagtattggttacctgcttattcccagcctacgatatttttacattcccttatttttttggctttacag