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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAAGCAGAAAACTGTCACCCGCGACAAGCAGGAGACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttctggttcttataattggctcttgtttgtcctcagcttggatcgggaaactgtgcttgactttgaagatgaaaaaaccagttacactaacag...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S28_168V6.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67696538|gb|BJ956771.1|BJ956771
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37822320|gb|BJ580386.1|BJ580386
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162219512|gb|FC396977.1|FC396977
EST:     GGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162156721|gb|FC333564.1|FC333564
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162191761|gb|FC367494.1|FC367494
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162156720|gb|FC333563.1|FC333563
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37830632|gb|BJ588644.1|BJ588644
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCNGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGNCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162150109|gb|FC326822.1|FC326822
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37821326|gb|BJ579392.1|BJ579392
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|208346067|gb|DC921312.1|DC921312
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37826196|gb|BJ584208.1|BJ584208
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|67695924|gb|BJ956157.1|BJ956157
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162194736|gb|FC371583.1|FC371583
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37850822|gb|BJ608830.1|BJ608830
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|208368432|gb|DC947875.1|DC947875
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTCGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162241958|gb|FC415769.1|FC415769
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162189600|gb|FC365822.1|FC365822
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162191762|gb|FC367495.1|FC367495
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37843534|gb|BJ601542.1|BJ601542
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162152500|gb|FC328778.1|FC328778
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162241957|gb|FC415768.1|FC415768
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37823580|gb|BJ581646.1|BJ581646
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162159688|gb|FC336074.1|FC336074
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37826731|gb|BJ584743.1|BJ584743
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|67699184|gb|BJ959417.1|BJ959417
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|37825235|gb|BJ583301.1|BJ583301
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162150110|gb|FC326823.1|FC326823
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|162194737|gb|FC371584.1|FC371584
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
EST: gi|208374737|gb|DC948681.1|DC948681
EST:     GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAG                         CGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC
genomic: GACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 11

CAAAAGCAGAAAACTGTCACCCGCGACAAGCAGGAGACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttc ... atttatgcagCGGTACCGATGGTGGAGGCCATGGTTGCTTTGGTGCTTGCAGATGCATTGCTGCAGCATTATGCACAATGTCAGATACTGCCTATGGACCCTGTACTTCA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAAAGCAGAAAACTGTCACCCGCGACAAGCAGGAGACAGAGCTGCGGGCGCGTGGGCGTCACGATCCGTGTGTTGTCCCACGAGgtaaattttctggttcttataattggctcttgtttgtcctcagcttggatcgggaaactgtgcttgactttgaagatgaaaaaaccagttacactaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaaaaaa