Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACGTGAAGGAGTACATTGAAGCAACCAAACCAGCATTTGCTATAGGAGAATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaactcttattctttgtatctgattgccaaaagaaccgcacgcattaagttttagcgctgaacattttaactaccccgttcaattcttttccagtatttgagcacttaaagacagttccgcaaagactgcagtgtcgctcaacataagttatgacatggatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S100_191V6.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19780303|gb|BQ039545.1|BQ039545
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162166455|gb|FC342437.1|FC342437
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162167712|gb|FC344026.1|FC344026
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162245205|gb|FC422134.1|FC422134
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162171740|gb|FC348201.1|FC348201
EST:     GACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: GACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162254705|gb|FC430994.1|FC430994
EST:     TCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: TCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162169841|gb|FC346197.1|FC346197
EST:     GTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: GTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162164680|gb|FC340727.1|FC340727
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162150065|gb|FC326596.1|FC326596
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162171141|gb|FC347755.1|FC347755
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162164446|gb|FC341572.1|FC341572
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162183699|gb|FC359095.1|FC359095
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162164679|gb|FC340726.1|FC340726
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162171741|gb|FC348202.1|FC348202
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162167713|gb|FC344027.1|FC344027
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: gi|162191939|gb|FC366944.1|FC366944
EST:     ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG                         ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 9

TACGTGAAGGAGTACATTGAAGCAACCAAACCAGCATTTGCTATAGGAGAATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATCATCAGCATTTGACGTGACAACCAAG




<











<


<