Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGTCCACGGAAGTGCTTTGGGTACCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGAGAGAACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctattgttgttttggttatctgaatgagatgttgaaatttcatagcactcaccttatggtttatttgcatgggctgttacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04270.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G033208_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GCGTCCACGGAAGTGCTTTGGGTACCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGAGAGAACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtcta----ttgttgt-----tttggttatctgaatgagatgttgaaatttcatagcactcaccttatggtttatttgcatgggctgttacag
| || || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| || |||||||| |||||    ||||| |     | | ||||||| |||| | |  | ||||  ||||||| |||   |||  |||  ||| ||||    || |||
GTGTTCATGGAAGTGCACTGGGTGCCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGGCAGAACCTTGGATGGCCCTATGACACATTCTTTGTACCAGAGGACGTCAAGAGgttggtctaccctttgttctagtaatctagttatctcaatgggtttgtcaaatg-catagcaatca---tataatttccttgaatggatcattgcag

upper sequence: LOC_Os06g04270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G03200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GCGTCCACGGAAGTGCTTTGGGTACCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGAGAGAACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtcta------ttgttgttttggttatctgaatgaga-tgttgaaatttcatagcactcaccttatggtttatttgcatgggctgttacag
| || || ||||||||  ||||| ||||||| ||||| || |||||  |||||||||||||| |  |||||||||||   |||||||||||||| || | || ||  |       ||   | |||  || |     ||| | || |||  |||   |  |  |    || |  ||  |||  ||  |     |||
GTGTGCATGGAAGTGCACTGGGTGCCAAAGAAGTTGATGCCACCAGGCAGAACCTTGGATGGTCACATGAGCCATTCCACGTGCCTGAGGATGTCAAAAAgtatggatgatgggtttagagatttcttttttcctgtgacactgctgaggtttataatgatactgaataagaattgcttgtctgtccc----cag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29616150|gb|CB621162.1|CB621162
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCA
EST: gi|33380946|gb|CF196289.1|CF196289
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29618033|gb|CB623045.1|CB623045
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58655034|gb|CK043714.1|CK043714
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29616475|gb|CB621487.1|CB621487
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|44679309|gb|CR292743.1|CR292743
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGC
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGC
EST: gi|58611062|gb|CK038774.1|CK038774
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCT
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCT
EST: gi|29687957|gb|CB684232.1|CB684232
EST:     CTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: CTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58693256|gb|CK081943.1|CK081943
EST:     GATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: GATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29629389|gb|CB634398.1|CB634398
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58607338|gb|CK035371.1|CK035371
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCC
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCC
EST: gi|58694523|gb|CK083210.1|CK083210
EST:     CTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: CTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58605541|gb|CK033574.1|CK033574
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTGGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|700946|gb|D47237.1|D47237
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58691917|gb|CK080604.1|CK080604
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29621963|gb|CB626974.1|CB626974
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29617346|gb|CB622358.1|CB622358
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29656978|gb|CB653253.1|CB653253
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58611032|gb|CK038744.1|CK038744
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29615703|gb|CB620715.1|CB620715
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58612671|gb|CK040383.1|CK040383
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29614101|gb|CB619114.1|CB619114
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29616061|gb|CB621073.1|CB621073
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCA-GGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29658330|gb|CB654605.1|CB654605
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAA
EST: gi|33381650|gb|CF196993.1|CF196993
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58656118|gb|CK044798.1|CK044798
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29686071|gb|CB682346.1|CB682346
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29677194|gb|CB673469.1|CB673469
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29614136|gb|CB619149.1|CB619149
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|29642621|gb|CB647628.1|CB647628
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58608832|gb|CK036865.1|CK036865
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
EST: gi|58609714|gb|CK037747.1|CK037747
EST:     AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAG                         CCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA
genomic: AACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 188

GCGTCCACGGAAGTGCTTTGGGTACCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGAGAGAACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctat ... gctgttacagCCACTGGAGCCGCCATGTGCCTCAAGGTGCTGCTTTTGAGGCTGACTGGAATGCTAAGTTCGCCGAGTATGAGAAGAAGTACCCAGAAGATGCAGCGACC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGTCCACGGAAGTGCTTTGGGTACCAAAGAGGTTGAAGCAACCAGAGAGAACCTTGGATGGCCCTATGAGCCATTCTTTGTGCCTGAGGATGTGAAGAGgtttgtctattgttgttttggttatctgaatgagatgttgaaatttcatagcactcaccttatggtttatttgcatgggctgttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA