Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGGACAGAGCGGCGATGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagctcctattgcatgcgcattcgtctttcatttcctgaacgactgaatctttattcgaaacttcttcctacaaaaaagttatgttgaactttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36770.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G36770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACGGACAGAGCGGCGATGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagctcctattgcatgcgcattcgtctttcatttcctgaacgactgaatc--tttattcgaaacttcttc--ctacaaaaaa---gttatgttgaactttc
|| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||||||| || ||||||||   | ||| |||     |  ||  |||| | || |   |||   | ||  |  ||||       |   | |   |||| ||     |  | | || |||   
ACTGATAGAGCGGCTATGCTTGATGAAATTGTGGATTATGTGAAGTTTTTACGGCTTCAAGTCAAGgtatgcgcgttccaatta----ccaataggtctatgatctagggaagagcagaggccatttacctagtgcaggtgcaattacagaattcccgcaagggtggact---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31561061|gb|CD486899.1|CD486899
EST:     GCTTGATGAAATAGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAG                         GTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
genomic: GCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagc ... tttgaaacagGTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
EST: gi|31471826|gb|CD413854.1|CD413854
EST:     GCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAG                         GTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
genomic: GCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagc ... tttgaaacagGTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
EST: gi|31305735|gb|CD390938.1|CD390938
EST:     GCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAG                         GTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
genomic: GCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagc ... tttgaaacagGTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
EST: gi|20449248|gb|BQ253372.1|BQ253372
EST:     TGGTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTTAGGTTTAG                         GTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG
genomic: TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTTAGGCTTCAGGTTAAGgtatgaaagc ... tttgaaacagGTCCTGAGCATGAGTAGACTGGGTGGAGCTGGTGCTGTTGCTCAGCTTGTG