1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GACAAGAGTGGTGCAATCACCTATGAAGAACTAAAGGCAGGATTGCATAGACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTGtaagctgttcttttgtcctctatatatattttgtttggggagaaataaaatggattgggaggaaataaggagggagataagtagaaatattaaattttca...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G11030.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTG CTGATGTAGATGGAAATGGCTCAATTGACTACATAGAATTCATCACTGCTAEST: gi|16347333|gb|BI972928.1|BI972928
genomic: ACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTGtaagctgttc ... aaattataggCTGATGTAGATGGAAATGGCTCAATTGACTACATAGAATTCATCACTGCTA
EST: ACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTG CTGATGTAGATGGAAATGGCTCAATTGACTACATAGAATTCATCACTGCTA
genomic: ACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTGtaagctgttc ... aaattataggCTGATGTAGATGGAAATGGCTCAATTGACTACATAGAATTCATCACTGCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACAAGAGTGGTGCAATCACCTATGAAGAACTAAAGGCAGGATTGCATAGACTTGGCTCAAAGCTTACAGAGGCTGAAGTGAAGCAGCTTATGGAAGCTGtaagctgttcttttgtcctctatatatattttgtttggggagaaataaaatggattgggaggaaataaggagggagataagtagaaatattaaattttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggggaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgggagg