Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCCAGAAAAGTTGCCAAATTATGAACAGAAAATCAAAAGCTTCTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaactaattttttgctttactttgattttcttgccaccttgcctaccattttaagttgctaaatatatcatgtttgtctttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28860.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G28860.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TGCCCAGAAAAGTTGCCAAATTATGAACAGAAAATCAAAAGCTTCTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaactaattttttgctttactttgattttcttgccaccttgcctaccattttaagttgctaaatatatcatgtttgtctttag-
|||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  || |||||||||| ||  | | ||   | |||    |  |||  || ||||  | ||||  |    | | |    ||| | | |  ||| |  | |  
TGCCCAGAAAAACTGCCAAATTATGAAGAGAAGATCAAGAACTTTTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATTCGCTACTGTGTGGCAGGAAGTGgtagga--tgagttgcagttttgtagtt-tttagttcccactctacctattaacccaggctttctaat-ttttac-tttatggtgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21888471|gb|BQ741684.1|BQ741684
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|213611023|gb|DB970950.1|DB970950
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|16995955|gb|BM085327.1|BM085327
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|7283499|gb|AW596106.1|AW596106
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|21479899|gb|BQ576582.1|BQ576582
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254333158|gb|GR850408.1|GR850408
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|13477757|gb|BG507506.1|BG507506
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|7693449|gb|AW761541.1|AW761541
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|19053712|gb|BM732379.1|BM732379
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|37995680|gb|CF807269.1|CF807269
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298196159|gb|HO044550.1|HO044550
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGACGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|213617570|gb|DB969282.1|DB969282
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|209728725|gb|BW655418.1|BW655418
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|192312869|gb|FK005453.1|FK005453
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGCGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|192312868|gb|FK005452.1|FK005452
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGCGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|120492785|gb|EH220952.1|EH220952
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193565451|gb|FK527244.1|FK527244
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATG
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: gi|298182107|gb|HO026282.1|HO026282
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|209704933|gb|BW661723.1|BW661723
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|120492659|gb|EH220826.1|EH220826
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193608303|gb|FK555284.1|FK555284
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGT
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGT
EST: gi|298189869|gb|HO038272.1|HO038272
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|13252127|gb|BG363030.1|BG363030
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|26060181|gb|CA803095.1|CA803095
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|120492941|gb|EH221108.1|EH221108
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|22522689|gb|BU081500.1|BU081500
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|24136099|gb|BU926609.1|BU926609
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|21887607|gb|BQ740820.1|BQ740820
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|208169211|gb|GD970910.1|GD970910
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193572267|gb|FK530012.1|FK530012
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATG
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: gi|21257093|gb|BQ453981.1|BQ453981
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298175141|gb|HO014944.1|HO014944
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298184335|gb|HO029548.1|HO029548
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298170432|gb|HO019056.1|HO019056
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298189141|gb|HO037544.1|HO037544
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|192297717|gb|FG989952.1|FG989952
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|26059241|gb|CA802155.1|CA802155
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298179497|gb|HO027968.1|HO027968
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|151396844|gb|EV266717.1|EV266717
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193566133|gb|FK524608.1|FK524608
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATG
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: gi|298184623|gb|HO029836.1|HO029836
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGAGGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254338222|gb|GR849747.1|GR849747
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|19052601|gb|BM731268.1|BM731268
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|209706331|gb|BW680691.1|BW680691
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATNTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|192294801|gb|FG987490.1|FG987490
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|6963527|gb|AW432220.1|AW432220
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|6719759|gb|AW307406.1|AW307406
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|213601717|gb|DB972425.1|DB972425
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATNTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|7233975|gb|AW569317.1|AW569317
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254332911|gb|GR850161.1|GR850161
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254326218|gb|GR840810.1|GR840810
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCG
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCG
EST: gi|26058060|gb|CA800974.1|CA800974
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGATATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|298181742|gb|HO025917.1|HO025917
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254336203|gb|GR842382.1|GR842382
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193415232|gb|FK380122.1|FK380122
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|208073336|gb|GD870711.1|GD870711
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|7925120|gb|AW831146.1|AW831146
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|209706869|gb|BW683209.1|BW683209
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254324010|gb|GR836242.1|GR836242
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254336202|gb|GR842381.1|GR842381
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|208308684|gb|GE106312.1|GE106312
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|15813927|gb|BI786202.1|BI786202
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|254323704|gb|GR836043.1|GR836043
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|10238192|gb|BE807080.1|BE807080
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|208031960|gb|GD829900.1|GD829900
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|8827472|gb|BE211202.1|BE211202
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|193570260|gb|FK525331.1|FK525331
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATG
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: gi|193701216|gb|FK638661.1|FK638661
EST:     GAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAAGTG                         GCTATTTTGATG
genomic: GAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAA-GTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATG
EST: gi|208168596|gb|GD968698.1|GD968698
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAAGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|151408479|gb|EV278287.1|EV278287
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCACAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|8827270|gb|BE211000.1|BE211000
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|9898912|gb|BE607880.1|BE607880
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
EST: gi|23052890|gb|BU577381.1|BU577381
EST:     AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTG                         GCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA
genomic: AGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaacta ... ttgtctttagGCTATTTTGATGTTAGGGATCGCAATGAAGCTTGGATTCGTGTGTGGGTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCCCAGAAAAGTTGCCAAATTATGAACAGAAAATCAAAAGCTTCTTTGAAGAGCATCTTCACACTGATGAGGAGATCCGCTTTTGTGCTGCTGGAAGTGgtatgaactaattttttgctttactttgattttcttgccaccttgcctaccattttaagttgctaaatatatcatgtttgtctttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG