Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCGGCCTCAGCAGACGACGTCGTTGTGCTCTCTGAAGATAACTTCGAGAAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttaccaatcttctcgatctcttcctctctgtttctatcaactattctttattccatcgttactttgatttcttgaaatcgttattaggtagggtt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G01820.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G01820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G47470.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
AATCGGCCTCAGCAGACGACGTCGTTGTGCTCTCTGAAGATAACTTCGAGAAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttaccaatcttctcgatctct-tcctctctgtttctatcaactattctt-tattccatcgttactttgatttcttgaaatcgttattaggtagggtt
  || |||  ||| ||||| || |||||  |  |||| |||| |||||| |||||||||||| | || | |||||||||||| ||||| || ||||| |||||   |  ||||  |||| ||     | |  ||  |||  |||    | |||| |  || |    |  |||||| | |       ||  |  ||     | 
TTTCAGCCGTAGCTGACGATGTGGTTGTTTTGACTGACGATAGCTTCGAAAAGGAAGTTGGTAAAGATAAAGGAGCTCTCGTCGAGTTTTACGCTCCCTGgtatggt-tcaattctctcaattcggatgcgatcctttttgatctgtaaatcttctggtcgagaaatgttttgatctgtgattgcagtcttctggattaat-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7685788|gb|AW756436.1|AW756436
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|16347802|gb|BI973397.1|BI973397
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAANNNNNNNGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|193718783|gb|FK655217.1|FK655217
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|209718584|gb|BW674723.1|BW674723
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208144291|gb|GD941146.1|GD941146
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|213613771|gb|DB961268.1|DB961268
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208290284|gb|GE082292.1|GE082292
EST:     CTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: CTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|207695354|gb|GD678109.1|GD678109
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGTACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGTCTTGGTAGC
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGG-ACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG-CTTGGTAGC
EST: gi|193426412|gb|FK386583.1|FK386583
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|209701913|gb|BW664567.1|BW664567
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|213596787|gb|DB964078.1|DB964078
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208169370|gb|GD969627.1|GD969627
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|193329262|gb|FK295632.1|FK295632
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: gi|298194838|gb|HO043310.1|HO043310
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|298198107|gb|HO039646.1|HO039646
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208064551|gb|GD862495.1|GD862495
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|298167695|gb|HO012958.1|HO012958
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|193304585|gb|FK272630.1|FK272630
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208060431|gb|GD856241.1|GD856241
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGGCACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|298163482|gb|HO012215.1|HO012215
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208196078|gb|GD991713.1|GD991713
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|208060889|gb|GD858799.1|GD858799
EST:     CTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: CTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|151396040|gb|EV265917.1|EV265917
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|213587217|gb|DB965921.1|DB965921
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|151397387|gb|EV267260.1|EV267260
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|151406560|gb|EV276375.1|EV276375
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|193585250|gb|FK540763.1|FK540763
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|298195370|gb|HO039201.1|HO039201
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: gi|209711953|gb|BW679032.1|BW679032
EST:     AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG                         GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATCGGCCTCAGCAGACGACGTCGTTGTGCTCTCTGAAGATAACTTCGAGAAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttaccaatcttctcgatctcttcctctctgtttctatcaactattctttattccatcgttactttgatttcttgaaatcgttattaggtagggtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcctc