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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGGACGAGAGGGCCGGCCAATTGGTGCTTATGAACTAGCAAAAGCAGTTGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataattctgtatcctttaactatatttcactatattttttcttcatcaagagcagtttgtttttttcttctttgaaacacttggtttttaacta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G10460.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G10460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os03g15120.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
GGGGGACGAGAGGGCCGGCCAATTGGTGCTTATGAACTAGCAAAAGCAGTTGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaat--ataattctgtatcctttaac--tatatttcactatattttttcttcatcaagagcagtttgtttttttcttctttgaaacact-tggtttttaacta
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GGTGGGCGTGACAGCCGTCCTATAGGAGCATATGAACTAGCCAAAGCAGTTGAAGAATTGGGTGCTGGAGAAATACTTCTTAATTGCATTGATTGTGATGgtatgttcatggttttgaacagttcaatattatgctttgcctgatttttatttacgcaatatttgtagattttctgctaagtaatagcaaagtggaaccc-----

upper sequence: GLYMA18G10460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
lower sequence: Vv19s0090g00810.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GGGGGACGAGAGGGCCGGCCAATTGGTGCTTATGAACTAGCAAAAGCAGTTGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataattc-tgtatcctttaactatatttcactatattttttcttcatcaagagcagtttgtttttttc----ttctttgaaacacttggtttttaacta
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GGTGGGCGAGAAGGTAGACCAATTGGAGCTTATGAGCTTGCAAAAGCAGTTGAAGAGCTGGGAGCTGGAGAAATACTACTCAACTGCATTGATTGTGATGgtgataatgactcctagttccttgaaaaatat----ctgtttcatgttattattgaatgcaaatttttatctgaaaaattctctaggaaatggtaacaaagact-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208057546|gb|GD852117.1|GD852117
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193690091|gb|FK634514.1|FK634514
EST:     TGGAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|208049755|gb|GD844976.1|GD844976
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATGTCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|207797277|gb|GD768975.1|GD768975
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|208082245|gb|GD881343.1|GD881343
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193328433|gb|FK296008.1|FK296008
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTGGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|207707043|gb|GD689187.1|GD689187
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAG
EST: gi|193529360|gb|FK485237.1|FK485237
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|208034090|gb|GD831494.1|GD831494
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|208334480|gb|GE126629.1|GE126629
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193431276|gb|FK394642.1|FK394642
EST:     AAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGACGAACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
genomic: AAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTG-CGA-CGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
EST: gi|12774195|gb|BG239122.1|BG239122
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193305009|gb|FK269022.1|FK269022
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193641719|gb|FK590613.1|FK590613
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193347635|gb|FK312695.1|FK312695
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
EST: gi|207823056|gb|GD794431.1|GD794431
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|192330041|gb|FK020857.1|FK020857
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAAGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193339347|gb|FK303560.1|FK303560
EST:     AATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: AATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|151396581|gb|EV266458.1|EV266458
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193561426|gb|FK518965.1|FK518965
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGCAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193545495|gb|FK499550.1|FK499550
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193523187|gb|FK479546.1|FK479546
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGTGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
EST: gi|193344244|gb|FK313656.1|FK313656
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAA
EST: gi|208046488|gb|GD844284.1|GD844284
EST:     TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACG                         GTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG
genomic: TGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataa ... aatgtttcagGTCAAGGGAAAGGATTTGATGTAGATTTAATTAAGTTGATATCAGATGCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GGGGGACGAGAGGGCCGGCCAATTGGTGCTTATGAACTAGCAAAAGCAGTTGAAGAGCTTGGTGCTGGTGAAATACTACTTAATTGCATTGATTGCGACGgtaaatataattctgtatcctttaactatatttcactatattttttcttcatcaagagcagtttgtttttttcttctttgaaacacttggtttttaacta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
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