Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGCAGTTTCAGATCTTCTCCCTGCATTTGCAAAGTCCATTGGTGCTCAATTTGCTCCCATTTTTGCACAGCTATTTGAACCTCTAATGAAATTTGCAgtgagttcacaaccaataacttttattgttaggaataaatcacaaattaatatcctcactttgaaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19960.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G19960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv12s0034g02160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
GGATGCAGTTTCAGATCTTCTCCCTGCATTTGCAAAGTCCATTGGTGCTCAATTTGCTCCCATTTTTGCACAGCTATTTGAACCTCTAATGAAATTTGCAgtgagttcacaaccaataacttttattgttaggaat---aaatcacaaattaatatcctcactttgaaatgcag-----------------------------
|||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || | |||||||   |||||| | ||||||||||||||||| |||||||  |||| | |  | | |  | || | |||   ||  |      | || || |   | |    |||                               
GGATGCAGTTTCTGACCTTCTTCCAGCATTTGCAAAGTCCATGGGTCCTCATTTTGCCCCTACTTTTGCAACACTATTTAACCCTCTAATGAAATTTGCGgtgagtt-gcaactagttgcctctgatatttgaaatctcaatcctttttgtcatttcatggttgtagtgtgcttgtcactcatttaattattggagagtgcag