1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
CACAGGACTCCAGAATTGATGTTTTCTTATGCCTCATCTGCTCATGAACGAGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatttaaattttgctatgtataattatcccaaggtagtgtctttttgccattaataaagcttcaaatctcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36930.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG GTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTGEST: gi|16106300|gb|BI894040.1|BI894040
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
EST: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG GTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTGEST: gi|208083435|gb|GD880963.1|GD880963
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
EST: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG GTATGGTTGCTGCCC
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CACAGGACTCCAGAATTGATGTTTTCTTATGCCTCATCTGCTCATGAACGAGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatttaaattttgctatgtataattatcccaaggtagtgtctttttgccattaataaagcttcaaatctcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA