1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttggcacgagctaagttatatcagaccacctgttagatttttggtaattaattttgcaagctgcccatctttctatttaagttcgttgtttgtcttttagGCTATTCTCACATAAACCATTATGCAGGTTATATAGGAAATAAGGAAAAGACACTTGAGGAGATCAGGCAAGATCTTTGCCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G452875_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aattaattttgcaagctgcccatctttctatttaagttcgttgtttgtcttttagGCTATTCTCACATAAACCATTATGCAGGTTATATAGGAAATAAGGAAAAGACACTTGAGGAGATCAGGCAAGATCTTTGCCTG
aattaat putative branch site (score: 10)
tttgtctttt putative PPT
atctttctatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggcacgagctaagttatatcagaccacctgttagatttttggtaattaattttgcaagctgcccatctttctatttaagttcgttgtttgtcttttagGCTATTCTCACATAAACCATTATGCAGGTTATATAGGAAATAAGGAAAAGACACTTGAGGAGATCAGGCAAGATCTTTGCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - cacgagc
- - - - - - - - - - - -gaccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaagc