Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcgcttgccattatcaccctccattttttaattaaacttttgacatatctggaattgtttttagatctccctactctctgatattgttttgtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCATCAGCACCCATTGTCCCTGCAGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G039889_T05
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78107919|gb|DV526337.1|DV526337
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|76910226|gb|DV163762.1|DV163762
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|211026941|gb|FL261358.1|FL261358
EST:     ATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAS                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: ATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|50336508|gb|CO531634.1|CO531634
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|78123847|gb|DV542231.1|DV542231
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|78115266|gb|DV533654.1|DV533654
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|31612380|gb|CD569002.1|CD569002
EST:     TCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: TCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|76016911|gb|DT944081.1|DT944081
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71299499|gb|DR785760.1|DR785760
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|31910879|gb|CD651644.1|CD651644
EST:     AAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: -AAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71326312|gb|DR799844.1|DR799844
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|60400549|gb|DN233356.1|DN233356
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|71762950|gb|DR960887.1|DR960887
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT
EST: gi|91052439|gb|EB162857.1|EB162857
EST:     CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAG                         CTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTC-T
genomic: CAAATATGGTTCTATTTGTCGCTTCAACCATCCTGATCGGCCAGGGCCAGgtctgttctt ... gtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctggaattgtttttagatctccctactctctgatattgttttgtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCATCAGCACCCATTGTCCCTGCAGTG
                              ctctgat  putative branch site (score: 4)
       aattgtttttagat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcgcttgccattatcaccctccattttttaattaaacttttgacatatctggaattgtttttagatctccctactctctgatattgttttgtatgtgcagCTGCGGATATAGCTTTTATGGTTCCACTGGTTCAAGCTACTCTTCCTTCATCAGCACCCATTGTCCCTGCAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG