Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcagttgctttggctctttagttctttaattctgctcctgttatcttcatgagcctcattttctttataagatgattctgctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G864166_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G864166_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g06510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatcagttgctttggctctttagttctttaattctgctcctgttatcttcatgagcctcattttctttataagatgattctgctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA
|||||| ||| ||||    |||| ||     ||||||||  ||||   |   |     ||||||| |           |  ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||
gtatcaattggtttg----tttacttt----attctgcttttgtttattctcttcatttcattttatgacctgacctctgatgtcttgtgtagGGTGGTGTAATTACGGAGCGGTGCTACGGCTGTGGACGATGCTTGTCGGTTTGCCCTTATGACAGAATAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50326457|gb|CO521583.1|CO521583
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|50329289|gb|CO524415.1|CO524415
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|76293255|gb|DV032823.1|DV032823
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAA                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|71772666|gb|DR970593.1|DR970593
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|32864298|gb|CF003980.1|CF003980
EST:     TGGTTGATGGAGAGCACACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|50335340|gb|CO530466.1|CO530466
EST:     TGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|74243604|gb|DT651518.1|DT651518
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|78088237|gb|DV516630.1|DV516630
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
EST: gi|50335836|gb|CO530962.1|CO530962
EST:     TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAG                         GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT
genomic: TGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 78

GCCATGTGAGAAAGTTTGCCCAGCTGATGCAATATCACTAAAGCATTCCATGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 58

GCCATGTGAGAAAGTTTGCCCAGCTGATGCAATATCACTAAAGCATTCCATGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA


Block sizes: 42 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 21

GCCATGTGAGAAAGTTTGCCCAGCTGATGCAATATCACTAAAGCATTCCATGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 28

GCCATGTGAGAAAGTTTGCCCAGCTGATGCAATATCACTAAAGCATTCCATGGTTGATGGAGAGCGCACACTATCTGATCCCTTACGTGGTAAATATGAGgtatcagttg ... ctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctgttatcttcatgagcctcattttctttataagatgattctgctttttgtagGGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAA
                                        ttctgcttttt  CT-rich tract
                      attttctttataagat  TA-rich tract