1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tctatttgtttcacactccgatttgaaacaagtgaaatgtttttttcccttggaggagagggagccagatgtgaacttattatctttcttttttgtgcagAGTCGAGTGATCAAGACCAAGAGCGTTGAGTACATGCCCTTCCTCCTGTCGCTGGTGAGCTTCCTCAACGGCTGCTGCTGGACGGCCTACGCGCTCATCC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G157675_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: GCTCGATGATGTACGCCTCACCACTVACTATCATG AGTCGAGTGATCAAGACCAAGAGCGTTGAGTACATGCCCTTCCTCCTGTYG
genomic: GCTCGATGATGTACGCCTCACCACTCACTATCATGgtacgtgatc ... ttttgtgcagAGTCGAGTGATCAAGACCAAGAGCGTTGAGTACATGCCCTTCCTCCTGTCG
tcccttggaggagagggagccagatgtgaacttattatctttcttttttgtgcagAGTCGAGTGATCAAGACCAAGAGCGTTGAGTACATGCCCTTCCTCCTGTCGCTGGTGAGCTTCCTCAACGGCTGCTGCTGGACGGCCTACGCGCTCATCC
cttattatctttcttt CT-rich tract
aacttattatctttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctatttgtttcacactccgatttgaaacaagtgaaatgtttttttcccttggaggagagggagccagatgtgaacttattatctttcttttttgtgcagAGTCGAGTGATCAAGACCAAGAGCGTTGAGTACATGCCCTTCCTCCTGTCGCTGGTGAGCTTCCTCAACGGCTGCTGCTGGACGGCCTACGCGCTCATCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - tgtttca
- - - - - - - - - - - - -aaacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - tgaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggagcca