Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccggggaatacttctgcttcatttcaattttttaaaaaaagaatatttgtagcgagatgcacagaagttttctgagaatgtatgtagactcatgcttgtgttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G051050_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G051050_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os05g38950.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaccggggaatacttctgcttcatttcaattttttaaaaaaagaatatttgtagcgagatgcacagaagttttctgagaatgtatgtagactcatgcttgtgttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC
|||| ||| ||| |||||| ||| |   | |||  ||||| || ||      ||   || | ||       | ||   |  |   |    ||| ||  || | || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
gtactggg-aatgcttctgattc-tcatagtttcctaaaataa-aacgacaataagtagtttca-------tctcgtgggctagctaggtactgatatttttcttgattgcagGTCCTGCACTTGTGACCACAAAAGATGCCGGTGATGCAGTTACACTTTTGCAGTCTTTAGCTGGCTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87152631|gb|DY397420.1|DY397420
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
EST: gi|32851391|gb|CD991072.1|CD991072
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
EST: gi|19058398|gb|BM737065.1|BM737065
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
EST: gi|22490585|gb|BU050508.1|BU050508
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
EST: gi|32851141|gb|CD990822.1|CD990822
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
EST: gi|19057887|gb|BM736554.1|BM736554
EST:     AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATG                         GCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC
genomic: AAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 57

TTCTCCGTGTATGGGATGTGCTTTTGTTTGATGGAAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 21

TTCTCCGTGTATGGGATGTGCTTTTGTTTGATGGAAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 35

TTCTCCGTGTATGGGATGTGCTTTTGTTTGATGGAAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC


Block sizes: 46 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 34

TTCTCCGTGTATGGGATGTGCTTTTGTTTGATGGAAACAGAGTAATGCTGTTCCGGACAGCTCTTGCGCTACTGGAGTTCTATGgtaccgggga ... ttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgcacagaagttttctgagaatgtatgtagactcatgcttgtgttaattgcagGCCCTGCTCTTGTGACTACAAAAGATGCTGGTGATGCAGTTACCCTTTTGCAGTCTTTAGCTGGTTCCACTTTTGACAGCAGCCAGCTTGTCTTGACAGC
                                           tgttaat  putative branch site (score: 34)
                                           tgttaatt  TA-rich tract