Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttctgttgccttatgttatttcccttgaatttatgtgcatgatattttatgcccagttctttgctttttggcatcaaacttatctgtaccaatggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0072g00310.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351025264|gb|FQ434277.1|FQ434277
EST:     ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAG                         TCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
genomic: ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAGgtattttctg ... ggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
EST: gi|110387338|gb|EC951996.1|EC951996
EST:     ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAG                         TCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
genomic: ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAGgtattttctg ... ggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
EST: gi|349827659|gb|FQ422527.1|FQ422527
EST:     ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAG                         TCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
genomic: ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAGgtattttctg ... ggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
EST: gi|351014018|gb|FQ434170.1|FQ434170
EST:     ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAG                         TCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
genomic: ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAGgtattttctg ... ggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
EST: gi|349825575|gb|FQ419492.1|FQ419492
EST:     ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAG                         TCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG
genomic: ACTTCACAAATCCATCTCTGCCTTCAGAGCAGAAAGGCAGATCTTCACAGgtattttctg ... ggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgcccagttctttgctttttggcatcaaacttatctgtaccaatggtgcaacagTCTGGTTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG
                           aaacttat  TA-rich tract