Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgattaatttggcattggtgtattaacttttgctctgtttacctatacacctcttagctgttcacttgctaactgatgcccaaatttcattttctgtatttcagTTGGATTTCCACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0072g00310.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351025264|gb|FQ434277.1|FQ434277
EST:     TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG
EST: gi|110422532|gb|EC988858.1|EC988858
EST:     CCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: CCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG
EST: gi|110387338|gb|EC951996.1|EC951996
EST:     TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG
EST: gi|349827659|gb|FQ422527.1|FQ422527
EST:     TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG
EST: gi|351014018|gb|FQ434170.1|FQ434170
EST:     TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG
EST: gi|349825575|gb|FQ419492.1|FQ419492
EST:     TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAG                         TTGGATTTCCACAG
genomic: TTATGGTGATGCAGGAGGTATGTATGCCCTTCAACCAGGAGCCAGGACAGgtgattaatt ... tgtatttcagTTGGATTTCCACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctcttagctgttcacttgctaactgatgcccaaatttcattttctgtatttcagTTGGATTTCCACAG
                                   tttcattttct  CT-rich tract
                                aaatttcattttct  TA-rich tract