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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctatccacaaaatcggggaattccgatttgtttctattatctggaaaccaatagttccctttcgactatttagttagcaatttactgtgtgttttacagAGTGAGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTCTTTGACCGCATTTTCCACATCACAAGGGGAGGCATTAGCAAGTCATCCAAGCAGATCAATCTTAGTGAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S13_132V6.1
intron # 37
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S13_132V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 37
lower sequence: GRMZM2G453794_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
cctatccacaaa-atcggggaattccgatttgtttctattatctggaaaccaatagttccctttcgactatttagttagcaatttactgtgtgttttacagAGTGAGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTCTTTGACCGCATTTTCCACATCACAAGGGGAGGCATTAGCAAGTCATCCAAGCAGATCAATCTTAGTGAA
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upper sequence: PP1S13_132V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 37
lower sequence: AT2G36850.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 38
cctatccacaaaatcggggaattccgatttgtttctatt--atctggaaaccaatagttccctttcgactatttagttagcaatttact----gtgtgttttacagAGTGAGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTCTTTGACCGCATTTTCCACATCACAAGGGGAGGCATTAGCAAGTCATCCAAGCAGATCAATCTTAGTGAA
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ttcagcactcgttttccggtttattggattgtttttatttaatct----attaccactttccagt-gacagcttagttt-caatttgttcaaaactaatcttgcagAGTTCGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTGTTCGATAGAATATTTCATATAACTCGCGGAGGAATCAGCAAAGCATCCCGTGTTATTAACATCAGTGAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaccaatagttccctttcgactatttagttagcaatttactgtgtgttttacagAGTGAGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTCTTTGACCGCATTTTCCACATCACAAGGGGAGGCATTAGCAAGTCATCCAAGCAGATCAATCTTAGTGAA
                      tatttagtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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cctatccacaaaatcggggaattccgatttgtttctattatctggaaaccaatagttccctttcgactatttagttagcaatttactgtgtgttttacagAGTGAGAATGCACTATGGGCATCCAGATGTCTTTGACCGCATTTTCCACATCACAAGGGGAGGCATTAGCAAGTCATCCAAGCAGATCAATCTTAGTGAA

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