1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gttcaaaactcttattctttgtatctgattgccaaaagaaccgcacgcattaagttttagcgctgaacattttaactaccccgttcaattcttttccagtatttgagcacttaaagacagttccgcaaagactgcagtgtcgctcaacataagttatgacatggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATCATCAGCATTTGACGTGACAACCAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S100_191V6.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162166455|gb|FC342437.1|FC342437
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162167712|gb|FC344026.1|FC344026
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162245205|gb|FC422134.1|FC422134
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162171740|gb|FC348201.1|FC348201
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: GACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162254705|gb|FC430994.1|FC430994
genomic: GACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: TCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162169841|gb|FC346197.1|FC346197
genomic: TCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: GTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162164680|gb|FC340727.1|FC340727
genomic: GTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162150065|gb|FC326596.1|FC326596
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162171141|gb|FC347755.1|FC347755
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162164446|gb|FC341572.1|FC341572
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162183699|gb|FC359095.1|FC359095
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162164679|gb|FC340726.1|FC340726
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162171741|gb|FC348202.1|FC348202
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162167713|gb|FC344027.1|FC344027
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATEST: gi|162191939|gb|FC366944.1|FC366944
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
EST: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAG ATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
genomic: ATACTGGGACAGTCTGGCATATGAGGGTGGTCAAGTTAGCTACAATCAAGgttcaaaact ... atggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACAT
gacagttccgcaaagactgcagtgtcgctcaacataagttatgacatggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATCATCAGCATTTGACGTGACAACCAAG
ataagttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcaaaactcttattctttgtatctgattgccaaaagaaccgcacgcattaagttttagcgctgaacattttaactaccccgttcaattcttttccagtatttgagcacttaaagacagttccgcaaagactgcagtgtcgctcaacataagttatgacatggatgcagATGCTCACAGACAAAGGATAGTGAATTGGATAAATGCTGCTGGTGGTACATCATCAGCATTTGACGTGACAACCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG