1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...acatgtcgtggggctgcttcatccgtctttgtttagcttttatgttatatgatttgtggtgtgcttgcctgatattctgaatttatcacctctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTGTCAAGCCAAACAAAGGAGATGCTGTGCTATTTTGGAGCATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g27850.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAG GCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTEST: gi|38480271|gb|CF964360.1|CF964360
genomic: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAGgttagctgaa ... tctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGT
EST: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAG GCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTEST: gi|27545606|gb|CA767108.2|CA767108
genomic: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAGgttagctgaa ... tctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGT
EST: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAG GCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTEST: gi|29659193|gb|CB655468.1|CB655468
genomic: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAGgttagctgaa ... tctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGT
EST: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAG GCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGT
genomic: TGATGTATTTGACTGATGGTGTTGAAGGGGGTGAAACCCATTTTCCTCAGgttagctgaa ... tctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGT
tatatgatttgtggtgtgcttgcctgatattctgaatttatcacctctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTGTCAAGCCAAACAAAGGAGATGCTGTGCTATTTTGGAGCATG
gcctgat putative branch site (score: 20)
cctctgttcc putative PPT
atattctgaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatgtcgtggggctgcttcatccgtctttgtttagcttttatgttatatgatttgtggtgtgcttgcctgatattctgaatttatcacctctgttccagGCAGGAGATGGTGAATGTAGCTGTGGCGGGAAGATGGTCAAAGGATTATGTGTCAAGCCAAACAAAGGAGATGCTGTGCTATTTTGGAGCATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
-catgtcg
- - - - - - gctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attctga