1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...agctgtgccaaacaggccctacataggaaaattatcaatgtgaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgttttttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g16900.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|55410982|gb|CV723358.1|CV723358
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|88975256|gb|CI023507.1|CI023507
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29640079|gb|CB645088.1|CB645088
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|218503212|gb|FG950056.1|FG950056
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|27554418|gb|CA998318.1|CA998318
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|41883639|gb|BX928526.1|BX928526
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|16579226|gb|BI813321.1|BI813321
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: -TTGTCTGCCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGC-AACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|33799865|gb|CF325799.1|CF325799
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGATGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29673427|gb|CB669702.1|CB669702
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29616639|gb|CB621651.1|CB621651
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|87036093|gb|CI189540.1|CI189540
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|88226248|gb|CI226164.1|CI226164
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|86415795|gb|CI029806.1|CI029806
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29639682|gb|CB644691.1|CB644691
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|55410961|gb|CV723337.1|CV723337
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29619531|gb|CB624543.1|CB624543
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29664535|gb|CB660810.1|CB660810
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|86495897|gb|CI138530.1|CI138530
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|88829336|gb|CI074206.1|CI074206
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: CTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|88247463|gb|CI247312.1|CI247312
genomic: CTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TGGCAGAAGCTGTTCACGATTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|27554444|gb|CA998344.1|CA998344
genomic: TGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|29616640|gb|CB621652.1|CB621652
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|4714232|gb|AU058199.1|AU058199
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG ACCCTTGCAANCC-GACCGCTCTAATGCTGAGTGCTGTAATGATGTT-CGCEST: gi|29671573|gb|CB667848.1|CB667848
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|86255505|gb|CI065182.1|CI065182
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|86900281|gb|CI296324.1|CI296324
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|89181212|gb|CI045295.1|CI045295
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCEST: gi|88974956|gb|CI023219.1|CI023219
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
tactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgttttttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
tgttttttttcccc CT-rich tract
tgaatgtttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agctgtgccaaacaggccctacataggaaaattatcaatgtgaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgttttttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
- ctgtgcc
- - - - - - caggccc
- - - - - - - - - - - - aggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttactga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaatg