Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgaagtgttacaacttatttctggtttatacttcacacttgctatgacatggacagtaggcttaatggtgtgatcaatttcagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATGGAACATTACTCTCAAGCACGTGTGAAGTTCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g40990.3
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g40990.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 26
lower sequence: GRMZM2G327311_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
gtacgaagtgttacaacttatttctggtttatacttcacacttgctatgacatggacagtaggcttaatggtgtgatcaattt-cagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATGGAACATTACTCTCAAGCACGTGTGAAGTTCAA----
|||   |   ||||||  | ||| || ||    ||| |  |||  ||    || |  ||     |||||| ||||||| |||| |||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||    
gtattgaac-ttacaatgtgtttgtgatt----cttaatgcttaataccggatagtaaggcaatttaatgttgtgatcgattttcagATTGATGCTGTACCAGTATGGGTTGCATGGGGCCATGCATTAGTTCGAATGGAGCACTATGCTCAAGCTCGTGTGAAGTTCAAGTAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681881|gb|CB678156.1|CB678156
EST:     GAACGGTATAGTATGGCTGTATATACTTGTAAAAAATGCAAG                         ATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCGATGCTCTAGTTCGAAT
genomic: GAACGGTATAGTATGGCTGTATATACTTGTAAAAAATGCAAGgtacgaagtg ... tcaatttcagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCC-ATGCTCTAGTTCGAAT
EST: gi|58680308|gb|CK068995.1|CK068995
EST:     GCGATGANACGGTATAGTATGGCNTGTATATACTTGTAANAAAATGCAAG                         ATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATG
genomic: GCGATGA-ACGGTATAGTATGGC-TGTATATACTTGTAA-AAAATGCAAGgtacgaagtg ... tcaatttcagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATG
EST: gi|58671278|gb|CK059964.1|CK059964
EST:     TCAGCGATGAACGGTATAGTATGGCTGTATATACTTGTAAAAAATGCAAG                         ATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATG
genomic: TCAGCGATGAACGGTATAGTATGGCTGTATATACTTGTAAAAAATGCAAGgtacgaagtg ... tcaatttcagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacttcacacttgctatgacatggacagtaggcttaatggtgtgatcaatttcagATTGACGCCTTTCCAGTTTGGGTTGCATGGGGCCATGCTCTAGTTCGAATGGAACATTACTCTCAAGCACGTGTGAAGTTCAA
                               gcttaat  putative branch site (score: 4)
                                            atcaattt  TA-rich tract